В 1536 г. началась война между Союзом Полонии и Леттонии и Священной Алеманской империей. Поводом к ней был конфликт между императором и полонским королём по поводу защиты прав иаггельской церкви в Полонии. Император Фердинанд I потребовал от короля Зигмонта I, чтобы тот немедленно даровал иаггельцам все те права, которые имели универсалы. Зигмонт I отказался, назвав Фердинанда лжеимператором. Последствием этого было объявление войны Полонии.
Фердинанд отправил в Полонию большие силы, насчитывавшие 52 000 пехоты и 8 000 кавалерии. Пехота состояла из многочисленных ландскнехтов, а также небольших регулярных отрядов, в рядах кавалерии же сражались рейтары и кирасиры. Была привлечена многочисленная артиллерия, которая должна была применяться как для осады крепостей, так и при полевых сражениях.
Армией империи командовали герцог Вольфхельм фон Бруншвик, маркграф Йоахим фон Золлерн, кондуктикус Александер Константиус и герцог Хейнрик фон Вильф. Первенство среди них принадлежало фон Золлерну.
Силы полонцев на западе насчитывали 36 000 пехоты и 4 200 кавалерии. Полонская кавалерия славилась своей небывалой силой, и она была представлена лёгкой конницей, наносившей быстрые удары по рядам врага. Были также и рейтары в качестве тяжёлой кавалерии, однако их было не так много, как лёгких всадников. В рядах пехоты сражались в основном пикинеры и мечники, с небольшими отрядами аркебузиров. Артиллерии у полонцев было меньше. Командовали полонскими силами позанский княж Андреж Злотогорский и магнатус Микал Дубовский.
Первый крупный бой состоялся в априлисе при Конинеке. 12 000 имперцев под командованием Константиуса сразились с 8 000 полонцами под командованием Казмера Липанского. Исход битвы решила сокрушительная атака мечников по рядам полонцев, приведшая к беспорядочному отступлению.
Ещё более значительное сражение состоялось при Решне. Силы Бруншвика нанесли ещё более ощутимый удар полонцам под командованием Дубовского. Активно использовались огнестрельное оружие и особенно артиллерия, которая нанесла колоссальный урон силам противника. Исход сражения довершили кирасиры, преследовавшие убегавших полонцев.
Имперцы стали заниматься массовым грабежом на захваченных полонских землях. Они вырезали население, откровенно мародёрствовали, отбирали припасы. В захваченные деревни и города намечалось привлекать священников, чтобы те обращали полонцев в иаггельство.
Андреж Злотогорский был вынужден пересмотреть тактику. Если прежде магнатусы и гентили стремились действовать самостоятельно, слабо подчиняясь приказам командующих и совершенно не опираясь на помощь крестьян, то со временем полонское командование стало более централизованным, хотя народная поддержка использовалась неохотно. В бою полонцы стремились наносить короткие и стремительные удары с использованием лёгкой кавалерии и небольших отрядов пикинеров и аркебузиров.
Одна из первых побед полонской армии относится к 28 нонембера 1537 г., когда в бою под Кужницей имперские силы Арнхельда Шеллера потерпели поражение от сил Микала Дубовского. Неповоротливая имперская армия не смогла выдержать молниеносных ударов полонцев, и, чтобы не потерпеть разгром, Шеллер увёл войска.
Тем не менее, имперские силы были намного больше, и они могли позволить себе более технологичное оружие. Дисциплина в них была заметно выше, и в Полонии появилась шпионская сеть, которая организовала два восстания, а также переманила на сторону империи магнатуса Адамаса Решовского, который командовал одной из полонских армий.
Однако в середине 1538 г., когда Большая Полония была полностью захвачена, против имперских войск поднялось крестьянское восстание под руководством мелкого гентиля Ратибора, который сумел создать крепкое и организованное войско, сотрудничавшее с королевскими силами и наносившее удары небольшим имперским отрядам.
Но даже это не остановило империю. Один из двух лидеров восстаний - бывший военачальник Филип Раковский - захватил город Торнь и сделал его своей базой. Он стремился атаковать Варсаву и стать новым королём Полонии, что играло имперцам на руку, ведь в войсках Раковского большую роль играли алеманские агитаторы, которые должны были привести на трон лояльного империи короля.
Другое восстание должно было создать оппозиционное Полонии государство Висулию со столицей в Краке. Это государство должно было предоставлять гентилям и магнатусам большие вольности, чем в Полонии, и носить полностью конституционный характер. Правитель Висулии должен был избираться, и его полномочия не должны были быть сколько-нибудь высокими. Такая программа встретила популярность среди гентилей, надеявшихся на усиление своего могущества, и они пошли вслед за лидером восстания, Андрежем Поланским.
Параллельно с борьбой на суше происходила борьба на море. Слабый полонский флот был легко разгромлен в первые два года войны имперскими кораблями, которыми командовал Карл Крайцер. Крайцеру удалось взять в блокаду важнейшие порты Полонии - Липаево и Геданск, а также высадить десант в Боруссии, где Крайцер заручился поддержкой местного алеманского населения, хотя официально борусский герцог сражался на стороне Полонии (впрочем, в войне он бездействовал).
Адамас Решовский сумел организовать армию предателей, которые активно поддерживали оба восстания и отказывались признавать Зигмонта I истинным королём Полонии. Он взял немало городов и крепостей в Большой и Малой Полониях.
Примечательно то, что Леттония отказывалась помогать Полонии, так как она была в это время занята войной с Русией. Против Полонии разгоралось движение дворянства Галиции, которое должно было провозгласить независимое Галицийское княжство.
Несмотря на то, что Зигмонт стремился к организации сильного сопротивления, всё же имперцы год за годом продолжали продвигаться к Варсаве. Наконец, в 1541 г. город был осаждён, и в следующем году он был взят. Варсаву подвергли невероятному разграблению. Многие постройки, стены были разрушены. Зигмонт бежал из столицы на юг, ближе к Краку, несмотря на то, что повстанцы захватили в Малой Полонии немало земель.
Тем не менее, имперцы всё же не смогли насладиться победой в полной мере. Корень их будущей неудачи крылся в том, что Фердинанд решил насильственно обратить всё население в иаггельство. Был привлечён ряд священников из Алемании, активно стали привлекаться войска для подавления сопротивления населения. Однако стоило начать массовое обращение, восстания полонцев усилились. Активизировалась деятельность Ратибора, который, будучи лишённым поддержки короля и многих дворян, привлёк на свою сторону массы крестьян и горожан. Имперские силы вынуждены были бороться с повстанцами.
В результате долгих восстаний в 1543 г. Фердинанд был вынужден заключить мир с Полонией. По нему империя отказывалась от всех своих завоеваний в Полонии. В свою же очередь Полония обязалась объявить всех иаггельцев равноправными. Император официально признавал Поланского и Раковского узурпаторами и нарушителями порядка в Полонии, и король получал полную свободу действий в отношении восстаний.
Последствия же войны для Полонии были тяжёлыми. Великая и частично Малая Полония были сильно разрушены. Усилилось положение борусского герцога и влияние Леттонии на Полонию и роль первой в союзе. Власть Зигмонта I ослабла, в то время как власть сайма повысилась.
Империя же особых выгод от войны не получила, кроме богатой добычи. Однако иаггельская церковь заметно упрочила свои позиции и повлияла на иные реформаторские движения в Европе, тем самым подняв престиж империи.