Откуда растут ноги об искуственном происхождении коронавируса?
Нет, как говорится, дыма без огня.
Оказалось:
Еще в 2015 году в очень уважаемом в научном мире журнале Nature появилась статья об успешном скрещении коронавируса летучей мыши SHC014 с человеческим вирусом атипичной пневмонии SARS. Опыты проводились в Университете Северной Каролины в 2014 году, и цель их была заявлена благая - понять, могут ли вирусы животных мутировать и стать опасными для человека.
SHC014-CoV - это SARS-подобный коронавирус (SL-COV), который заражает подковообразных летучих мышей (f. Rhinolophidae), впервые обнаруженный в Китае в 2013 году.
Но в 2014 году Агенство здравохранения США прекратило финансировать это исследование. В отличии от китайского. И в 2017 еще раз подтвердило не то чтобы отказ-отказ, но продлило временный отказ. Потому исследование с 2015 года проходили в кооперации американских ученых с китайскими.
Короче, в 2015 году Университет Северной Каролины в Чапел-Хилле и Институт вирусологии Ухани продолжили исследование, показывающее, что вирус может быть инфицирован для инфицирования клеточной линии HeLa человека путем использования обратной генетики для создания химерного вируса, состоящего из поверхностного белка SHC014 и основа вируса атипичной пневмонии.
Сейчас уже показано, что он отличается более чем на 5000 нуклеотидов от SARS-CoV-2, причины пандемии среди людей в 2019-2020 гг. И потому не может быть его причиной. Но, согласитесь, могли и другую химеру создать и где то, как то не досмотреть... В теории могли бы.
Так вот... Эксперимент, в ходе которого была создана гибридная версия коронавируса летучей мыши - связанная с вирусом, вызывающим SARS (тяжелый острый респираторный синдром), - вызывала в 2014 году и вызвала сейчас возобновление дебатов о том, стоит ли рисковать разработка инженерных лабораторных вариантов вирусов с возможным пандемическим потенциалом..
Но это одна сторона фактов, другая - теперь уже существуют предположения, слухи и теории заговора о том, что SARS-CoV-2 имеет лабораторное происхождение. И это в какой то мере обосновано. А именно в той мере, что кому надо еще разобраться могли бы ученые создать именно этот вирус, мог бы он мутировать до неузнаваемости,,а ведь кому то и не захочется разбираться.
Некоторые люди утверждают, что человеческий SARS-CoV-2 был получен непосредственно из лаборатории в Ухани, откуда было получено сообщено о летучей мыши CoV (RaTG13), которая разделяла гомологию на 96% с SARS-CoV-2 .
Однако, как мы знаем, человеческая SARS-CoV и SARS-подобная CoV цивитной пальмы промежуточного хозяина имели 99,8% гомологии, с общим количеством 202 однонуклеотидных (nt) вариаций (SNV), идентифицированных по всему геному .
Учитывая, что между человеческим SARS-CoV-2 и RaTG13-CoV летучей мыши существует разница более 1100 нт , которые распределены по всему геному естественным образом в соответствии с эволюционными характеристиками, типичными для CoV, это маловероятно что RaTG13 CoV является непосредственным источником SARS-CoV-2.
Отсутствие логического целевого паттерна в новых вирусных последовательностях и близкого родственника у видов диких животных (летучих мышей) являются наиболее показательными признаками того, что SARS-CoV-2 эволюционировал в результате естественной эволюции.
Поэтому актуальныммстал поиск промежуточного животного-хозяина между летучими мышами и людьми необходим для выявления CoV животных, более тесно связанных с SARS-CoV-2 человека.
Нашли ли?
Существует предположение, что панголины могут нести CoV, тесно связанные с SARS-CoV-2, но эксперименталтные данные, подтверждающие это, еще не опубликованы.
Поэтому, вероятность того, что создали таки в лаборатории все таки низкая, но... Правильно, а кто его знает?!
Тем не менее, родство COVID-19 с коронавирусом летучей мыши, предположенное в статье Чжэнли Ши и его коллег, выглядит убедительным, но здесь опять есть проблема с рецептор-связывающим доменом (receptor-binding domain, RBD). Это гликопротеин на поверхности вирусной оболочки, позволяющий вирусу связываться с рецептором на клеточной мембране и проникать в клетки. Во фрагменте генома, кодирующем RBD, различия между двумя вирусами слишком велики, поэтому-то и возникло предположение, что существовал вид-посредник, через который коронавирус летучих мышей перешел к людям.
Но это исследования нет.
Однако, что то да есть. Например, исследование которре было выложено на bioRxiv.org, оказалось, что показатель в 99 % относится лишь к одному домену вирусного генома, а в целом соответствие между геномами вируса COVID-19 и вируса панголинов - 90,3 %.
Фрагмент генома, где вирусы человека и панголина действительно проявляют максимальное сходство, отвечает за тот самый рецептор-связывающий домен. По словам Линфа Ванна (Linfa Wang), вирусолога из Медицинской школы имени Дьюка в Национальном университете Сингапура, который был частью команды, выявившей происхождение вируса SARS, даже 99 %-ное сходство между генами рецептор-связывающего домена двух коронавирусов не обязательно достаточно для их близкого родства. Таким образом, аргументы в пользу панголина стали менее сильными, но он всё равно остается одним из вероятных кандидатов.
В феврале на bioRxiv.org появились еще три исследования генетического родства коронавируса COVID-19 и вируса панголинов. В одном из них, опубликованном 18 февраля международной исследовательской группой, было обнаружено, что совпадение ДНК коронавируса человека с ДНК коронавирусов в образцах замороженных клеток панголинов колеблется от 85,5 % до 92,4 %. В двух статьях китайских ученых сходство составило 90,23 % и 91,02 %. Канадский специалист по коронавирусам Аринджай Ванерджи (Arinjay Banerjee) из Университета Гамильтона считает, что эти данные свидетельствуют против происхождения вируса COVID-19 от вируса панголинов. Совпадение геномов недостаточно велико. Для сравнения он приводит вирус SARS и коронавирус циветт, геномы которых совпадают на 99,8 %. Эколог из Института зоологии Китайской академии наук Цзян Чжиган привел еще один контраргумент: если вирус возник у панголинов, которых привезли в Китай из другой страны, почему нет сообщений о появлении независимых вспышек инфекции в местах, где эти панголины водятся?
Но это как странно выглядит. Впрочем, для любителкй теории заговоров - это не преграда.
Подведем итоги:
Версия об искуственном происхождении коронавируса указывает на статью Nature Medicine, опубликованную в 2015 году , в которой сообщается о создании химерного CoV с геном CoV S летучей мыши (SHC014) в позвоночнике SARS CoV, который адаптирован для заражения мышей ( MA15) и способен заражать клетки человека. Однако в этом утверждении отсутствуют какие-либо научные основания, и его следует сбрасывать со счетов из-за значительного расхождения в генетической последовательности этой конструкции с новым SARS-CoV-2 (> 5000 нуклеотидов).
Т.е адаптированный на мышь вирус SARS (MA15) был создан путем серийного пассирования инфекционного клона SARS CoV дикого типа в дыхательных путях мышей BALB / c. После 15 пассажей у мышей SARS-CoV приобрел повышенную репликацию и патогенез легких у старых мышей (следовательно, M15) из-за шести кодирующих генетических мутаций, связанных с адаптацией мыши. Вероятно, что MA15 сильно ослаблен, чтобы реплицироваться в клетках человека или пациентах из-за мышиной адаптации.
Было высказано предположение, что ген S из CoV, происходящего от летучих мышей, в отличие от вируса, полученного от пациентов или цивитов человека, не может использовать человеческий ACE2 в качестве рецептора для проникновения в клетки человека. Предполагалось, что циветы являются промежуточным хозяином летучих мышей CoV, способных распространять CoV SARS среди людей.
Чтобы непосредственно рассмотреть эту возможность, был синтезирован точный ген S коронавируса летучей мыши SL-SHC014, который был использован для создания химерного вируса в мышиной адаптированной магистрали SARS-CoV MA15. Полученный вирус SL-SHC014-MA15 действительно может эффективно использовать человеческий ACE2 и реплицироваться в первичных клетках дыхательных путей человека до тех же титров, что и эпидемические штаммы SARS-CoV. В то время как SL-SHC014-MA15 может эффективно реплицироваться в легких молодых и старых мышей, инфекция была ослаблена, и в эпителии дыхательных путей было меньше вирусного антигена по сравнению с SARS MA15, что вызывает летальные исходы у старых мышей.
В связи с повышенной патогенной активностью химерного вируса SHC014-MA15 по сравнению с химерным вирусом MA15 с исходным геном SARS S человека на мышах, такие эксперименты с химерным вирусом SL-SHC014-MA15 позднее были ограничены исследованиями усиления функции (GOF) в предписанная правительством США политика приостановки
Сейчас после тщательного филогенетического анализа, проведенного несколькими международными группами, понятно, что SARS-CoV-2, несомненно, отличается от SL-SHC014-MA15 с> 6000 нуклеотидными различиями по всему геному. Однако змий уже выпущен из бутылки!
И хотя нет достоверных доказательств в поддержку утверждения о том, что SARS-CoV-2 получен из химерного вируса SL-SHC014-MA15. Но ведь могли же! Простотможет никто ничего не публиковал. Такой взгляд в какой то мере имеет право на существование. Особенно если очень зочется.
Более того, нынче ходят слухи и о том, что SARS-CoV-2 был искусственно или преднамеренно сделан людьми в лаборатории, и это подчеркивается в одной рукописи, представленной в BioRxiv (сайт обмена рукописями до любой рецензии), утверждая, что SARS-CoV-2 содержит последовательность ВИЧ и, таким образом, вероятно, был получен в лаборатории.
Позднее провели тщательный анализ биоинформатики, чтобы продемонстрировать, что первоначальное утверждение о множественных вставках ВИЧ в SARS-CoV-2 не является специфичным для ВИЧ-1, а является случайным.
Но насколько тщательный? Не всех удовлетворит она. Особенно, если хочется.
По моему мнению, в настоящее время нет достоверных доказательств ни в поддержку заявления о том, что SARS-CoV-2 произошел от CoV, разработанного лабораторией, ни наоборот.
Для изучения этой возможности и выяснения естественного происхождения SARS-CoV-2 необходимы дополнительные исследования.
Но нужно подчеркнуть SARS-CoV-2 не содержит убедительных доказательств лабораторного происхождения. Но очевидно и то, что вирусы с такими серьезными угрозами здоровью населения должны надлежащим образом обрабатываться в лаборатории, а также надлежащим образом регулироваться научным сообществом и правительствами.
Да!.. В статье, опубликованной в Nature Medicine1 9 ноября, речь о том, что ученые исследовали вирус SHC014, который обнаружен в подковообразных летучих мышах в Китае. Исследователи создали химерный вирус, состоящий из поверхностного белка SHC014 и основы вируса SARS, который был адаптирован для роста у мышей и имитации человеческого заболевания. Химера инфицировала клетки дыхательных путей человека - доказательство того, что поверхностный белок SHC014 имеет необходимую структуру, чтобы связываться с ключевым рецептором на клетках и инфицировать их. Это также вызвало болезнь у мышей, но не убило их.
Хотя почти все коронавирусы, выделенные у летучих мышей, не способны связываться с ключевым человеческим рецептором, SHC014 не первый, кто может это сделать.
Nature Medicine volume 21, pages1508-1513(2015
https://www.nature.com/articles/nm.3985
В ней ученые написали:
Используя систему обратной генетики SARS-CoV2, мы создали и охарактеризовали химерный вирус, экспрессирующий всплеск коронавируса летучей мыши SHC014 в адаптированном для мыши остове SARS-CoV. Результаты показывают, что вирусы группы 2b, кодирующие пик SHC014 в позвоночнике дикого типа, могут эффективно использовать несколько ортологов человеческого ангиотензинпревращающего фермента II рецептора SARS (ACE2), эффективно реплицироваться в первичных клетках дыхательных путей человека и достигать титров in vitro, эквивалентных эпидемическим. штаммы SARS-CoV. Кроме того, эксперименты in vivo демонстрируют репликацию химерного вируса в легких мыши с заметным патогенезом. Оценка доступных иммунотерапевтических и профилактических методов на основе атипичной пневмонии показала низкую эффективность; подходы как к моноклональным антителам, так и к вакцинам не смогли нейтрализовать и защитить от инфицирования CoV с использованием нового белка с шипами. На основании этих результатов мы синтетически воспроизвели инфекционный полноразмерный рекомбинантный вирус SHC014 и продемонстрировали надежную репликацию вируса как in vitro, так и in vivo. Наша работа предполагает потенциальный риск повторного появления SARS-CoV из вирусов, циркулирующих в настоящее время в популяциях летучих мышей.
И да, американское агенство здравохранения не субсидировало это исследование с 2о14 года.
Сегодня Национальные институты здравоохранения объявили, что откладывают паузу финансирования, начавшуюся в октябре 2014 года, на эксперименты с усилением функции (GOF), включающие вирусы гриппа, SARS и MERS. Исследования GOF важны для того, чтобы помочь нам определить, понять и разработать стратегии и эффективные меры противодействия быстро развивающимся патогенам, которые представляют угрозу для общественного здравоохранения. Пауза в финансировании была отменена в связи с сегодняшним выпуском Структуры Министерства здравоохранения и социальных служб для принятия решений о финансировании предлагаемых исследований, включающих усиление потенциальных пандемических патогенов (Структура HHS P3CO). HHS P3CO Framework описывает междисциплинарный процесс проверки, в котором участвуют финансирующее агентство и группа проверки на уровне департамента, которая рассматривает научные достоинства и потенциальные выгоды от исследований, а также потенциал для создания, передачи или использования усовершенствованных потенциальный пандемический возбудитель. Эта структура формализует надежный надзор за исследованиями, финансируемыми из федерального бюджета, с усилением патогенных микроорганизмов с пандемическим потенциалом. Это продукт обширного совещательного процесса, проведенного экспертами в государственном и частном секторах, и он соответствует Рекомендациям по политике для разработки на уровне департамента механизмов обзора для возможного лечения и надзора за пандемическим патогеном (P3CO)
Переаод гуглский. Пардон!
Но это не конец истории. Еще забавнее то, что первыми заболеои короновирусом американцы, продивавшие в Ухане. Но они заболели типом А, а это исходный вирус, который передался людям от летучих мышей или панголинов или ещеикого - неизвестно точно. И есть еще два типа - это его мутации. Причем в самом Китае самым распространенным стал тип В, который распространился перед Рождеством. Тиап А - оказался только у американцев и австралийцев, работавших в Ухане.
Тип В доминирует также в Великобритании, Швейцарии, Германии, Франции, Бельгии и Нидерландах.
Типы A и С - более распространены в Европе и США. А тип A наиболее распространен в Австралии и США.
А вот у первых заболевших в Италии, Франции, Англии и Швеции выявили именно тип С. В материковом Китае этот тип коронавируса отсутствует полностью, однако единичные случаи заражения типом С обнаружены в других странах и регионах Юго-Восточной Азии: Сингапуре, Южной Корее и Гонконге.
При этом "итальянский" подтип вируса произошел от первого задокументированного больного в Мюнхене; он, в свою очередь, заразился от своего коллеги из Шанхая, получившего вирус во время поездки в Ухань с родителями.
Тип C, который мутировал от типа B, пришел в Европу через Сингапур. Он наиболее распространен в этой части Азии.
Короче, пищи для теорий заговора полно. А полноценных доказательств прямых или обратных утверждений нема. Но тут завтрак закончился.